En algunas ocasiones, las obras de construcción de nuevas líneas o extensiones de Metro deben detenerse a raíz del hallazgo de restos arqueológicos. Esto no es extraño si pensamos que la ciudad de Santiago ha sido intensamente habitada por los últimos 14.000 años.

Uno de los objetivos principales de Metro es conectar la ciudad de Santiago a través de un tren urbano que en la mayor parte de su trazado se desarrolla en forma subterránea. Por ello, en la construcción de nuevas líneas a través de piques de construcción y de estación, las labores de Metro frecuentemente tienen como resultado el hallazgo de bienes arqueológicos. La normativa ambiental y de patrimonio entrega los lineamientos para su tratamiento, lo que sumado al cumplimiento de lo establecido por las autoridades, genera una gran cantidad de conocimiento histórico y prehistórico de una inmensa riqueza para el patrimonio cultural de la ciudad.

Metro cuenta con un área de Arqueología y Patrimonio Cultural, dependiente de la Subgerencia de Medio Ambiente,  que es la encargada de proponer y liderar la estrategia de la empresa para gestionar adecuadamente el componente arqueológico en sus distintos proyectos. En general, esa gestión comienza con la realización de evaluaciones arqueológicas a través de pozos de sondeo para determinar si el área a intervenir presenta o no sitios o bienes arqueológicos en el subsuelo. Es importante indicar que el Art. 21° de la Ley 17.288 de Monumentos Nacionales, define que solo por el hecho de existir los materiales y yacimientos arqueológicos están protegidos por el Estado.

El Museo Nacional de Historia Natural resguarda los materiales de las excavaciones. En los últimos años, Metro ha desarrollado dos puestas en valor de hallazgos arqueológicos encontrados en obras de nuevas líneas, que cuentan con muestras públicas en las estaciones Franklin y Los Leones de Línea 6.