Metro S.A. tiene como única filial la empresa de Transporte Suburbano de Pasajeros S.A. (Transub S.A.).
Mediante escritura pública de 30 de enero de 1998, suscrita entre la Empresa de Ferrocarriles del Estado y la Empresa de Transporte de Pasajeros Metro S.A., ante el Notario de Santiago don Francisco Rosas Villarroel, se llevó a cabo la creación de la Empresa de Transporte Suburbano de Pasajeros S.A. Los antecedentes de dicha filial son los siguientes: